1935年，首次提出扫描电镜概念。在透射电镜的基础上, 1935年德国学者诺尔首次提出了扫描电镜的概念；

1938年，第一台扫描电子显微镜由Von Ardenne 发展成功。

1953年，英国剑桥大学的麦哲马伦等人研制成功第一台实用型扫描电镜，分辨率达到50nm；

1965年，英国剑桥科学仪器公司研制成功第一台商用扫描电镜 Mark I，其分辨率为 10 nm，从此揭开了扫描电镜研发、制造和应用的开端；

1975年，美国将微型计算机引入到扫描电镜中，用于程序协调控制加速电压，放大倍数和磁透镜焦距的关系，二次电子图像分辨率可达6 nm；

2005年，美国发布全球第一台具有超高分辨率的带有低真空的场发射电镜，其分辨率为 1.0 nm；

2010年，冷场扫描电镜的上市将分辨率提升到了0.4nm。